近年来，随着农民合作社向产业链下游发展，介入农产品加工、流通环节，应纳税业务也随之出现，但合作社税收征管工作却明显滞后于合作社发展。加强合作社税收管理应当双管齐下，除了合作社自身要健全财务管理制度，树立依法纳税意识，各级国税地税部门也应转变粗放式管理模式，落实涉农税收优惠政策，有针对性地对合作社开展宣税办税服务。

　　现行涉农税收优惠政策是在不同历史阶段、按照不同目标逐步形成的，全国人大、国务院、财政部、国家税务总局和各省级政府都制定了相关的政策文件，“政出多门”导致操作层面难以统一，限制了政策的适用范围，对合作社应当享受的税收优惠政策构成了障碍。各级国税地税部门应当针对当地实际情况，在税收征管环节对现行涉农税收优惠政策进行梳理，做出区域性整合，形成口径统一的税收优惠政策体系，使政策更具针对性和可操作性。

　　当前合作社免税项目居多，一些地方对合作社日常税收征管明显放松，要么实行定期定额管理，要么任由合作社做无税申报，既不利于体现依法纳税的严肃性，也不利于促进农民合作社主动加强财务管理和内部建设。税务部门应当转变观念，从以管收为主向以服务为主转变，支持农业产业发展;优化征管流程，简化办税程序，建立简便可行、易于被农民掌握和接受的征收方式。

　　农民合作社并不是无税可收，税收征管相比现状有很大的改善空间。税务机关应根据相关税收政策法规的规定，在政策宣传、纳税辅导、税务登记、资格认定、发票管理、纳税申报、税源监控等各个环节，制定相应的管理要求和制度，细化完善政策规定，采取切实可行的操作规程，规范纳税服务和征收管理行为，强化发票管理和纳税评估，引导农民合作社依法诚信纳税、规范快速发展，提高他们主动健全经营管理和财务管理的积极性，促进农民合作社又好又快地参与农业产业发展。